Nếu để ý kỹ trong cấu trúc điện thờ Tam Tử Phủ, có thể thấy rằng điện thờ thường chỉ thờ Bồ Tát chứ không thờ Đức Phật, tại sao lại như vậy. Chúng ta có thể trả lời câu hỏi này dựa trên sự khác biệt giữa Đức Phật và Bồ tát.
Phật là chữ viết tắt của Phật Đà, đây là danh hiệu phiên âm từ tiếng Phạn hoặc Pali buddha sang Hán-Việt; dịch ý là Giác giả, tức “Người tỉnh thức”, “Người Giác Ngộ”. Do ban đầu người Việt tiếp thu Phật giáo trực tiếp từ Ấn Độ nên từ Buddha (bậc giác ngộ – Phật) được phiên âm trực tiếp thành Bụt.
Đức Phật là người đã dứt khỏi Luân hồi, đạt giác ngộ hoàn toàn, đạt Giải thoát, chứng Niết-bàn. Phật là người đã vượt qua mọi tham ái, là người biết phân biệt thiện ác, nhưng tâm không vướng mắc vào các phân biệt đó. Sau khi thị tịch, một vị Phật không còn tái sinh.
Bồ Tát là lối viết tắt của Bồ-đề-tát-đóa, cách phiên âm tiếng Phạn sang Hán-Việt, dịch ý là, hoặc Đại sĩ (KĐ). Trong Phật giáo Đại thừa, Bồ Tát là một hành giả sau khi hành trì các Ba-la-mật-đa đã tựu Phật quả, nhưng nguyện không nhập Niết-bàn khi chúng sinh chưa giác ngộ.
Đại thừa chia làm hai hạng Bồ Tát: Bồ Tát đang sống trên Trái Đất và Bồ Tát siêu việt. Các vị đang sống trên Trái Đất là những người đầy lòng từ bi, giúp đỡ chúng sinh, hướng về Phật quả. Các vị Bồ Tát siêu việt là người đã đạt các hạnh Ba-la-mật và Phật quả – nhưng chưa nhập Niết-bàn. Đó là các vị đã đạt Nhất thiết trí, không còn ở trong Luân hồi, xuất hiện trong thế gian dưới nhiều dạng khác nhau để cứu độ chúng sinh. Đó là các vị được Phật tử tôn thờ và đảnh lễ, quan trọng nhất là các vị Bồ Tát Quán Thế Âm , Văn-thù-sư-lợi, Địa Tạng, Đại Thế Chí và Phổ Hiền.
Yếu tố cơ bản của Bồ Tát là lòng Từ bi đi song song với Trí huệ. Chư Bồ Tát thường cứu độ chúng sinh và sẵn sàng thụ lãnh tất cả mọi đau khổ của chúng sinh cũng như hồi hướng phúc đức mình cho kẻ khác. Con đường tu học của Bồ tát bắt đầu bằng luyện tâm Bồ-đề và giữ Bồ Tát hạnh nguyện. Hành trình tu học của Bồ Tát theo kinh Hoa Nghiêm thì có 52 quả vị gồm Thập Tính, Thập Trụ, Thập Hạnh, Thập Hồi Hướng, Thập địa và hai quả vị cuối cùng là Đẳng giác và Diệu giác.
Như vậy có thể thấy Đức Phật đã dứt khỏi Luân hồi, đạt giác ngộ hoàn toàn, không vướng mắc vào thiện ác nơi trần gian, trong khi Bồ tát lại hướng đến việc cứu độ chúng sinh, giúp đỡ chúng sinh hướng về Phật quả. Có thể thấy Tín ngưỡng Tứ Phủ vốn tập trung chủ yếu vào việc cứu độ chúng sinh, do vậy nên Bồ Tát đã được thờ khá phổ biến trong các đền điện Tứ Phủ thay vì Đức Phật.