Vào thế kỷ 15, chính sử nhà Hậu Lê ghi nhận sự kiện đáng chú ý liên quan đến Chùa Thánh Chúa như sau: “Bấy giờ vua Lý Thánh Tông đã tuổi xuân, 40 tuổi mà vẫn chưa có con trai kế vị. Ông sai Chi hậu nội nhân Nguyễn Bông làm lễ cầu tự tại chùa Thánh Chúa, sau đó bà phi Ỷ Lan có mang, sinh hoàng tử Càn Đức, tức (Lý) Nhân Tông.”.
Sử cũ còn kể rằng vào ngày 3 tháng 10 năm Kỷ Mão (1459), thái tử bị truất Lê Nghi Dân cùng các thủ hạ đã đột nhập vào cung và sát hại Lê Nhân Tông, sau đó tiếm ngôi vua và đặt niên hiệu là Thiên Hưng. Trong lúc đó, bà phi Ngô Thị Ngọc Dao và con trai hoàng tử Lê Tư Thành giả dạng nữ trốn tới chùa Thánh Chúa để lánh nạn. Năm sau, các đại thần Nguyễn Xí và Đinh Liệt phế truất Nghi Dân, đưa hoàng tử Tư Thành, khi đó đã 17 tuổi, vào triều và tôn lên làm vua Lê Thánh Tông vào ngày mùng 8 tháng 6 Canh Thìn (1460).
Sinh thời, Lý Nhân Tông và Lê Thánh Tông đã cho trùng tu tôn tạo chùa Thánh Chúa. Trong dân gian có câu ca dao:
Nghìn năm nay có mấy chùa
Như chùa Thánh Chúa, hai vua tôn thờ
Chùa Thánh Chúa đã trải qua nhiều lần chỉnh trang và nâng cấp trong suốt một thế kỷ qua. Các công trình tu bổ lớn đã diễn ra vào năm 1934, sửa chữa tam quan vào năm 1992, xây dựng lại điện thờ thái hậu Ỷ Lan vào năm 2009 và trùng tu tòa tam bảo vào năm 2014. Hiện nay, hình dáng chùa chủ yếu mang phong cách nghệ thuật kiến trúc của thời Nguyễn.
Giữa trường Đại học Sư phạm Hà Nội và chùa có tường bao và cổng nghi môn ngăn cách. Sau cổng là một tam quan hoành tráng xây theo kiểu lầu ngũ môn. Gác trên có các cửa tò vò và treo một đôi chuông khánh. Bước qua tam quan, du khách nhập vào một sân gạch thoáng đãng với nhà bia và hai cây muỗm cổ thụ rất cao, hai bên có vườn rộng và cửa ngách thông với phần sau của chùa.
Tam bảo hướng về hướng tây-nam, được xây dựng theo hình chuôi vồ. Tiền đường rộng 5 gian 2 dĩ, đầu hồi bít đốc, bộ vì nóc kiểu chồng rường giá chiêng. Thượng điện sâu 5 gian, là nơi thờ Phật. Phía sau là hành lang và nhà Tổ, nhà Tăng; bên ngoài có vườn tháp mộ và một hồ vuông nhỏ. Ngoài ra, trong chùa còn có điện thờ Ỷ Lan, được xây dựng gần đây, gồm 3 gian.
Chùa còn lưu giữ bản ngọc phả ghi các truyền thuyết lịch sử liên quan. Hệ thống tượng tròn vẫn còn đầy đủ với 77 pho tượng gỗ và tượng đất nung. Nhiều pho tượng mang phong cách nghệ thuật thế kỷ 17. Trong điện thờ Ỷ Lan, có tượng bà thái hậu và hai nữ thị nội.
Chùa Thánh Chúa được xếp hạng là Di tích lịch sử văn hóa quốc gia vào ngày 21-1-1989. Nơi đây đã từng phát hiện nhiều viên gạch vồ lớn giống như loại được sử dụng tại Văn Miếu – Quốc Tử Giám. Trên gác tam quan có quả chuông đồng đúc năm Mậu Tý niên hiệu Minh Mạng thứ 9 (1828) và một chiếc khánh đồng kiểu cánh dơi, nặng 125kg, mang niên hiệu Thiệu Trị thứ 5 (1845).
Các Chùa khác tại quận Cầu Giấy:
Nguyễn Hưng hiện đang sinh sống và làm việc tại Hà Nội. Mang trong mình lòng đam mê tìm hiểu văn hóa truyền thống, anh dành sự quan tâm đặc biệt cho lĩnh vực tín ngưỡng dân gian Việt Nam. Với anh, tín ngưỡng không chỉ là nét đẹp văn hóa mà còn là sợi dây kết nối thế hệ, lưu giữ những giá trị tinh thần quý báu của dân tộc. Trên hành trình khám phá, Nguyễn Hưng luôn nỗ lực nghiên cứu, chắt lọc và chia sẻ những kiến thức bổ ích về tín ngưỡng Việt Nam đến với độc giả.